高达99.5亿元的银行贷款如何处理是决定肥矿改革路径的核心问题，也是最大的难题：
首先是涉及债权银行多、金额大，牵涉广泛。邵泽武介绍，肥矿集团金融债务共涉及10家银行，金额巨大。如果形成大量损失，将影响债权银行的经营稳定和发展信心。重组成功与否，直接影响当地经济社会稳定大局。
其次是影响力大，示范效应强。山东省银监局局长陈颖说，肥矿债务处置是本轮山东国有企业化解过剩产能、“僵尸企业”出清工作中的首例，也是目前为止最大一单。如果处理不当，不仅将产生严重的负面示范效应，而且可能引发更大的区域性风险。
第三是沟通协调难度大。中国农业银行山东省分行是肥矿集团债权人委员会牵头银行，行长益虎介绍，由于债权银行较多，银行同业协调行动难度较大;且肥矿集团属于国有企业，相比较于民营企业，银企沟通难度更大。为达成最终协议，肥矿集团债委会主席行之间召开会议商讨48次，与企业正式谈判多达39轮。
经过山东省国资委、山东能源集团和债权人委员会的反复磋商，最终各方达成一致:将肥矿集团优质资产剥离组建肥矿煤业有限公司(简称“肥矿煤业”)，并承接50%银行债务;肥矿集团和山东能源集团分别承担30%、20%的银行债务。
为确保新公司能盈利偿债、母公司不因债务压力而出现困难，债权银行也进行了让利：肥矿煤业承接的银行债务可在8年内周转使用，前5年利率执行中期流动资金贷款基准利率下浮10%；肥矿集团承接的债务按年利率0.6%计息且8年内不偿还本金，第9年开始每年归还20%本金；山东能源集团承接的银行债务，前5年利率执行中期流动资金贷款基准利率下浮10%；山东能源集团及其他权属企业存量贷款5年内按基准利率下浮5%。
邵泽武说，这一方案一是能够显著减轻企业财务负担，有利于企业提高经营效率实现脱困发展。二是保证了银行贷款本金安全，以时间换空间，最大限度维护银行利益，避免企业“破产削债”对银行经营业绩造成巨大冲击。三是确保了市场化、法治化原则，避免了对区域金融环境造成不良影响，有利于区域经济社会稳定。据测算，改革重组后肥矿煤业年盈利能力大约为2亿元，具备可持续发展和偿债能力。
谈判过程中，肥矿集团职工分流与安置工作也在有条不紊地进行着。肥矿集团拟定了解除劳动合同、竞聘上岗、劳务输出等9条分流安置渠道。为确保最终的分流安置方案能为职工知情、理解、接受，各矿井、各班组逐个职工“下访”征求意见，先后梳理了1000多条意见，由集团层面对职工进行解释或对安置方案进行改进。
为使职工离岗后能尽快实现“再就业”，肥矿集团设立了转岗再就业培训基地，集中开设月嫂育婴师、电商、电焊工、煤矿爆破工等各门类培训，使转岗职工拥有一技之长从而实现“转岗不下岗”。在此基础上，肥矿集团常态化收集创业信息和就业机会，地企联合举办矿区职工专场招聘，邀请山东省内和京津浙等地50多家企业前来招聘。目前，职工安置已经基本完成，1.5万名职工得到顺利安置。
肥矿集团拖欠多年的社保、医疗费等问题，也在山东省政府的政策和山东能源集团的资金支持下得到解决。截至2016年12月底，已有2829名离职人员完成社保的个案补缴，1177人顺利办理退休手续，8051万元拖欠的医疗费得到报销。
目前，肥矿煤业已完成注册，债权银行、山东能源集团、肥矿集团、肥矿煤业四方债务协议已签订完毕，肥矿集团改革重组平稳落地。
