《工作方案》指出，试点内容主要包括：
(一)重点行业排污许可证申请与核发试点
一是编制完成行业规范，在全国排污许可证管理信息平台上开发完成相应行业排污许可证申请核发的填报模块。二是组织开展试点行业排污许可证申请、核发验证，并及时修改完善行业规范和填报模块。三是率先完成试点行业排污许可证的申请和核发工作。四是参与开展试点行业排污许可管理培训。五是组织先行先试，率先开展试点行业依证监管工作。
(二)流域排污许可管理试点
一是按照国家相关规定，打通造纸等行业排污许可管理全流程，落实《实施方案》相关要求，制订精简整合相关环境管理制度方案，报批后组织实施。二是基于流域控制单元水质改善需求和达标规划，研究制订与流域水质目标和环境承载力相衔接的流域排放标准等。三是临沂市和济宁市探索在流域排污许可管理中纳入资源化利用、人工湿地净化工程等内容；无锡市探索基于环保物联网技术和智慧环保信息技术的排污许可信息化管理，以及流域精细化管控背景下的排污许可证监管模式；嘉兴市探索“一证式”管理模式，基于排污许可管理的沿海地区固定源总氮排放总量控制，以及基于排污许可管理的相关市场机制。
《工作方案》最后指出试点工作的分工安排：环保部专项小组负责统筹协调试点工作，定期组织召开调度会、交流会，协调发布各行业规范。试点省、市环保部门负责牵头实施相关行业试点工作，落实环境保护部关于试点工作的各项安排。试点省、市应制定试点工作方案，报环境保护部排污许可专项小组办公室(以下简称部许可办)备案，并严格督办落实。试点省、市应在试点成果中反映本行政区域环境质量改善需求，保障试点任务涉及的各类调研和资料收集工作，制定实施对无证排污行为的监管执法计划。
重点行业排污许可管理试点省、市，应全程参与行业规范编制工作，做好地方原有管理平台与全国平台对接，会同有关部门对无证排污企业收紧信贷、市场准入等政策。
流域排污许可管理试点地市负责组建专门的技术支撑团队承担试点任务，推进本市行业排污许可证“一证式”管理，制定出台相关规定规范应报部专项小组审批，配合部专项小组做好相关经验做法的提炼、推广等工作。
自2017年4月起，每月10日前，试点省、市环保部门应向环保部报送试点工作进展表。试点工作总负责人应为各试点省级环保部门分管领导或各试点地市环保部门主要领导。试点工作联系人应为责任处室领导。重点行业试点省、市应逐月填报2017年3月至10月的工作安排以及实际进展；流域排污许可试点地市应填报2017年3月至12月以及2018、2019年的工作安排和实际进展。填报的试点任务工作安排应包括本方案明确的各时间节点。
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